Руководство прокуратурой г. Набережные Челны осуществляет прокурор города, назначаемый Генеральным прокурором РФ.

Прокурор города представляет прокуратуру в отношениях с представительным (законодательным) и исполнительными органами местного самоуправления, территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, гражданами и организациями, подписывает от имени прокуратуры города договоры, соглашения и другие документы.

Прокурор города руководит деятельностью прокуратуры на основе законов, действующих на территории РФ, и нормативных актов Генерального прокурора РФ и прокурора РТ, издает распоряжения, обязательные для исполнения всеми подчиненными работниками, определяет должностные обязанности заместителей прокурора города, своих старших помощников и помощников прокурора города. В отсутствие прокурора города его обязанности исполняет первый заместитель прокурора города, а при его отсутствии – один из заместителей прокурора города.

Основные структурные подразделения прокуратуры г. Набережные Челны:

Группа по надзору за расследованием преступлений под руководством первого заместителя прокурора города включает: двух заместителей прокурора города (по СО по г. Набережные Челны СУ СК РФ по РТ, отделам полиции, УМВД РФ по г. Набережные Челны, отделу УФССП РФ по РТ и отдела МЧС РФ по РТ),  помощников и старших помощников прокурора, осуществляющих надзор по отдельным направлениям деятельности и органам расследования;

Группа по обеспечению участия прокуроров в рассмотрении уголовных дел судами под руководством  заместителя прокурора города включает: помощников и старших помощников прокурора, осуществляющих надзор по отдельным направлениям деятельности и принимающих участие в рассмотрении уголовных дел судами по указанию руководителя группы;

Группа по надзору за исполнением федерального законодательства под руководством заместителя прокурора города включает: помощников и старших помощников прокурора, осуществляющих надзор по отдельным направлениям деятельности.